В 1984 году, окончив среднюю школу Бронкса, Джонатан поступает в Квинс-колледж, который бросает три года спустя. Поработав чуть менее года в компании «Bear Stearns», в 1988 году Джонатан возвращается назад в колледж. Однако на этот раз его хватает всего на один семестр, после чего он в очередной раз покидает колледж. Для получения аттестата ему не хватило всего нескольких зачетов.
В 1990-х, до того как стать режиссером, Джон Фавро играл второстепенные роли в не самых кассовых или обласканных критикой фильмах, например, «Неизвестные личности» или «Короли Догтауна». В 2001-м он поставил свой дебютный фильм — «Made». За «Made» последовали еще три фильма, снятые Фавро: комедия «Эльф», детская фантастика «Затура» и супергеройское кино «Железный человек».