Брайан Уорнер (в будущем Мэрилин Мэнсон) родился 5 января 1969 года в Кантоне, штат Огайо, в семье медсестры и торговца мебелью. С раннего детства ему пытались привить любовь к Богу (он даже обучался в христианской школе для мальчиков). С возрастом Брайан начал думать, что религия несправедлива и решил, что лучше быть атеистом (но не сатанистом, как считает большинство его противников).
Фактически, признание общественностью в Мэнсоне сатаниста произошло после его знаковой встречи с основателем и духовным лидером философского течения, известного как сатанизм, Антоном Шандор ЛаВейем, который наградил Мэнсона почётным титулом Преподобного Церкви Сатаны. Позже в автобиографии The Long Hard Road Out Of Hell, Мэнсон писал об ощущениях от общения с ЛаВейем: «это звучало не намного убедительнее, чем пятиминутная консультация у пятидесятидолларового психотерапевта, но я был признателен и восхищен, поскольку ЛаВей не был тем человеком, которого можно критиковать».
С декабря 2006 года по октябрь 2008 года встречался с молодой актрисой Эван Рейчел Вуд. В декабре 2009 года Мэрилин Мэнсон возобновил отношения с Эван Рейчел Вуд, а в январе 2010 сделал ей предложение на которое она ответила согласием.