Родился в 1948 году в Порт-Честере, штат Нью-Йорк. Репортер и режиссер-документалист, часто снимающий в стиле синема-верите.
Сотрудничал с NBC, PBS и HBO. За свою карьеру Альперт 15 раз удостаивался премии «Эмми», в 2010 году был номинирован на «Оскар» за ленту "Нестихийное бедствие в Китае: слезы провинции Сычуань". Работал репортером во Вьетнаме, Камбодже, Иране, Никарагуа, на Филиппинах, Кубе, в Китае и Афганистане.
Он является одним из немногих американцев, которому удалось неоднократно снимать Фиделя Кастро и Саддама Хуссейна.
В 1991 году, работая на NBC, Альперт стал одним из первых американских журналистов, попытавшихся показать неотредактированные съемки с войны в Персидском заливе. Программа была снята с эфира за три часа до показа, и Альперт был уволен.
За свою карьеру Альперт снял множество фильмов на социально-значимые темы - «Невидимые граждане: японо-американцы» (1983), «Болезнь тяжелых металлов» (1987), «Год преступной жизни» (1989), «На площади Тахрир» (2011), «Искупление» (2012). Он был одним из немногих, снимавших работу спасателей в первую ночь после теракта в Нью-Йорке 11 сентября 2001 года; cнимал в 86-м армейском полевом госпитале в Ираке; снимал последствия землетрясения 2008-го года в Китае.
В 1972 году Альперт основал Downtown Community Television Center - один из первых в США общественных медиа-центров. Недавно Управление штата Нью-Йорк по искусству (New York State Council of the Arts) признал его центр "стандартом, на который должны равняться все остальные медиа центры".
На XXIX ММКФ (2007) в программе «Свободная мысль» был показан фильм Джона Альперта и Мэтью О’Нила «Багдад. Скорая помощь».20:18. На этом всё! Наша трансляция окончена. Ждём всех вас в залах кинотеатра Октябрь! ...